E’ la fase più delicata, nella quale occorre essere molto scrupolosi  e non avere fretta. In genere il digiuno viene interrotto con l’assunzione di una piccola porzione di succo di frutta (acida, come ad esempio arance, pompelmi ecc), in quanto questa stimola l’organismo a continuare il processo di detossificazione, e fornisce all’organismo energia, minerali e vitamine facilmente assimilabili (la frutta è un pasto predigerito). Le fibre della frutta drenano le tossine intestinali prodotte dall’autolisi e stimolano le contrazioni naturali dell’intestino (peristalsi). Sarebbe molto pericoloso interrompere un digiuno mangiando, ad esempio, un piatto di pasta  o carne in quanto il sistema digestivo tenuto a riposo durante il digiuno non secerne più gli enzimi della digestione, e sarebbe pericolosamente stressato (inoltre si rischierebbe un blocco intestinale). Dopo i primi giorni si assunzione di sola frutta (prima acida e dopo qualche giorno dolce), la persona che si rialimenta può consumare ortaggi freschi (lattughe, peperoni, sedani ecc), poi leggermente cotti a vapore.  Se si digeriscono bene le verdure fresche, nei giorni seguenti si possono aggiungere grassi e poi in progressione proteine vegetali e ortaggi farinosi (tuberi).  Se le reazioni di eliminazione continuano ad essere intense è consigliabile prolungare la dieta a base di frutta per un periodo più lungo, anche per una settimana, se necessario. 

Nota: Occorre prestare particolare attenzione alla combinazione degli alimenti: la frutta acida (arance, pompelmi, ananas, fragole ecc) va consumata con quella semiacida (mele, pesche ecc) ma non con quella dolce (banane, uva , cachi ecc). La frutta semi-acida si combina sia con quella acida sia con quella dolce. I meloni si mangiano da soli.  Le proteine e i farinacei non vanno mai combinati insieme, ma si abbinano solo a verdure (mai a frutta o farinacei). Si consuma una sola proteina per pasto oppure un solo farinaceo abbinato a ortaggi freschi. Ingerendo un solo alimento concentrato per pasto, si assicura la sua facile digestione.

Le modalità  e i tempi di rialimentazione variano da soggetto a soggetto, e in base al numero di giorni di digiuno praticato. In tutti i libri di igienismo viene fornita una regola di base: il periodo di rialimentazione deve essere uguale alla durata del digiuno stesso. In particolare, la fase di transizione, caratterizzata dalla diminuzione dell’autolisi e dalla ripresa delle funzioni digestive, dura un numero di giorni uguale al digiuno. Ad esempio un soggetto che ha digiunato 10 giorni dovrà impiegare altrettanti giorni per reintrodurre il cibo e solo al decimo giorno potrà ricominciare a mangiare normalmente. Questa regola non è condivisa dalla dottoressa D’Alessandro (naturopata-igienista) in quanto in base ad esperienze dirette ha potuto riscontrare una tempistica di gran lunga superiore rispetto a quanto riportato in letteratura.

In un organismo ben riposato e rigenerato dal digiuno le forze tornano molto velocemente e sono accompagnate da una meravigliosa sensazione di benessere e nuova vitalità. Se invece la disintossicazione non è stata soddisfacente, per mancanza di tempo o capacità, il recupero delle forze è più lento, perché il periodo di rialimentazione è ancora segnato da forti reazioni di autolisi. Dopo il digiuno, gustando il cibo si sperimenta un appagamento migliore: la frutta dolce sembra sapere di miele, e l’odorato e il gusto diventano acuti. Ciò è spiegato da un aumento dello zinco nel sangue (durante il digiuno), che crea questo affinamento del senso del gusto. 

Nota: Essendo la rialimentazione una fase molto delicata, si consiglia il lettore neofita o poco esperto di non improntare digiuni “fai da te” ma di rivolgersi a persone competenti e/o centri di digiunoterapia nei quali possa essere monitorato e seguito con attenzione.